Sistemas
Sistema circulatório
Os organismos desse filo não possuem um sistema circulatório propriamente dito, uma vez que todo o seu processo de circulação ocorre por meio da difusão entre células. Muito provavelmente por se tratarem de animais tão pequenos, portanto o sistema de difusão se apresenta como uma alternativa viável.
Sistema digestivo
Os gnatostomulídeos apresentam boca ventral e se alimentam de bactérias e fungos. Seu trato digestório é incompleto pois apresentam um "ânus cego", isto é, pouco desenvolvido.
Sistema Excretor
Apesar de não ser um consenso na comunidade científica se os Gnathostomulida possuem ou não um sistema excretor, alguns autores consideram que sim e o descrevem como sendo: um sistema excretor que se localiza na região da faringe até a terminação corporal, sendo formado por protonefrídios, estruturas tubulares que apresentam comunicação externa, dispostos em série.
Sistema nervoso
Os organismos de Gnathostomulida apresentam sistema nervoso desenvolvido e cílios epidérmicos ao longo de todo o corpo, que auxiliam tanto na sua locomoção quanto em sua percepção do ambiente. Não apresentam órgãos sensoriais como olhos.
